• Thân phụ: Minh Mục Tông Chu Tái Hậu.
• Đích mẫu: Hiếu An hoàng hậu Trần thị (孝安皇后陈氏, 1536 - 1596), người Thông Châu, cha là Cẩm y vệ Cố An bá Trần Cảnh Hành (固安伯陳景行). Bà trở thành Kế phi của Mục Tông sau khi Hiếu Ý Trang hoàng hậu qua đời. Dưới thời Vạn Lịch Đế, bà do là dích mẫu Hoàng hậu nên được tôn làm Nhân Thánh hoàng thái hậu (仁圣皇太后), ngự ở Từ Khánh cung. Không có con, bà rất được Vạn Lịch Đế cung phụng, tôn như mẹ ruột.
• Thân mẫu: Hiếu Định hoàng hậu Lý thị (孝定皇后李氏, 1540 - 1614), người Thông Châu, xuất thân bình dân, là thị nữ hồi môn của Hiếu An hoàng hậu khi bà trở thành Kế phi của Mục Tông từ khi còn là Dụ vương. Sau khi Mục Tông đăng cơ, bà trở thành Quý phi. Vạn Lịch Đế lên ngôi tấn tôn thành Từ Thánh hoàng thái hậu (慈圣皇太后), ngự ở Từ Ninh cung. Thái hậu giáo huấn Vạn Lịch Đế rất nghiêm, mỗi khi Hoàng đế sai phạm đều bắt quỳ rất lâu. Có lúc bà có ý định phế truất Vạn Lịch. Khi Hoàng đế cai trị còn nhỏ tuổi, bà quyết định tham chính.
• Hậu phi:

1. Hiếu Đoan Hiển hoàng hậu Vương thị (孝端顯皇后王氏, 1564 - 1620), tên Hỉ Thư (喜姐), người Chiết Giang, cha là Vĩnh Niên bá Vương Vĩ (永年伯王偉). Bà là vị Hoàng hậu chính vị duy nhất của Thần Tông, ở ngôi vị Hoàng hậu 42 năm, lâu nhất trong lịch sử Trung Quốc. Bà qua đời gần như cùng lúc với Thần Tông, thọ 57 tuổi
2. Hiếu Tĩnh hoàng hậu Vương thị (孝靖皇后王氏, 1565 - 1611), không rõ xuất thân, vốn là cung nhân của Từ Thánh hoàng thái hậu. Năm 1582, sắc phong làm Cung phi (恭妃), sau đó bà sinh ra Minh Quang Tông Chu Thường Lạc. Khi bà qua đời, được truy phong làm Ôn Túc hoàng quý phi (温肃皇贵妃). Sau khi Minh Quang Tông lên kế vị, dâng thụy hiệu Hiếu Tĩnh hoàng thái hậu (孝靖皇太后)
3. Cung Khác Hoàng quý phi Trịnh thị (恭恪皇贵妃郑氏, 1565 - 1630), người Đại Hưng, Kinh Nam. Sơ phong Thục tần (淑嬪), dần phong lên Hoàng quý phi, là sủng phi của Vạn Lịch đế.
4. Cung Thuận Hoàng quý phi Lý thị (恭順皇貴妃李氏, ? - 1597), không rõ gốc gác. Sinh hạ Huệ vương Chu Thường Nhuận và Quế Đoan vương Chu Thường Doanh rồi mất, đều được Vương Hoàng hậu nhận nuôi
5. Tuyên Ý Chiêu phi Lưu thị (宣懿昭妃刘氏, 1557 - 1642), cha là Lưu Ứng Tiết (刘应节), được Thần Tông sủng ái, trong ngoài đều kính trọng
6. Ôn Tĩnh Thuận phi Thường thị (溫靜順妃常氏, 1568 - 1594), người Sơn Đông, cha là Thường Giang (常江), mẹ là Cao thị (高氏), mang thai nhưng chết lưu
7. Thanh Huệ Thuận phi Lý thị (清惠順妃李氏, ? - 1623), sinh hạ Vĩnh Tư vương Chu Thường Phổ và Thiên Thai Công chúa, tất cả đều chết khi còn rất nhỏ
8. Đoan Tĩnh Vinh phi Vương thị (端靖榮妃王氏, khoảng 1560 - 1591), sơ phong An tần (安嫔), Vạn Lịch thập nhị niên (1584) phong Vinh phi, sinh Tĩnh Nhạc Công chúa chết non
9. Trang Tĩnh Đức phi Hứa thị (莊靖德妃許氏, ? - 1602), không rõ gốc gác
10. Đoan phi Chu thị (端妃周氏), sơ phong Đoan tần (端嬪), vì sinh Thuỵ vương Chu Thường Hạo nên dược phong làm phi. Cả hai mẹ con đều không được sủng ái, sau khi con trai bị giết, bà quay về quê nhà mà sống, thọ hơn 80 tuổi
11. Hiền phi Ngụy thị (賢妃魏氏, 1567 - 1606), người Hàm Đan, cha là Nguỵ Chí (承志), mẹ là Kiều thị (乔氏), sơ phong Thận tần (慎嫔), qua đời truy phong Hiền phi
12. Nghi phi Dương thị (宜妃楊氏, ? - 1581), cha là Dương Thần (杨臣), nhập cung năm 1578, mất sớm
13. Hi phi Vương thị (僖妃王氏, ? - 1589), không rõ gốc gác
14. Đức tần Lý thị (德嬪李氏, 1567 - 1628), người Khai Phong, Hà Nam, cha là Lý Thời Lương (李时亮), mẹ là Lôi thị (雷氏), sinh hạ 3 công chúa đều yểu mệnh
15. Kính tần Thiệu thị (敬嬪邵氏, ? - 1606), người Dương Châu, cha là Thiệu Danh (邵名), mẹ là Tề thị (齐氏), thọ khoảng 40 tuổi
16. Vĩ tần Cảnh thị (伟嬪耿氏, 1568 - 1589), cha là Cảnh Thái Hưởng (耿大享), mẹ là Vương thị (王氏), xuất thân là cung nữ
17. Vinh tần Lý thị (榮嬪李氏, 1568 - 1626), cha là Lý Sơn (李山), một trong Cửu tần của Thần Tông
18. Hòa tần Lương thị (和嬪梁氏, 1562 - 1643), cha là Lương Thận (梁慎), mẹ là Phan thị (潘氏)
19. Thuận tần Trương thị (顺嫔张氏, ? - 1589), cha là Trương Trân (张榛), mẹ là Vương thị (王氏)

Hậu duệ

Hoàng tử

Hoàng nữ